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Présentation

Bigre

Ce projet se situe à la confluence de deux mouvements technologiques très actuels : d'abord propres à la biologie, le recourt de plus en plus important à des applications logicielles malheureusement extrêmement hétérogènes (pour stocker, lire et interpréter les données biologiques), ensuite, propres à l'informatique, le développement par les constructeurs de plateformes d'intégrations, commerciales ou non, facilitant l'interopérabilité des application logicielles hétérogènes existantes (processeurs, systèmes d'exploitation, librairies logicielles et langages de programmation). Parmi ces plateformes d'intégration, et faisant figure de standards plus que de produits, on trouve CORBA ou les Services Web. La biologie offre ainsi un contexte d'application et d'expérimentation idéal pour les solutions intégratives proposées ces temps-ci par les constructeurs de logiciels et les organismes de standardisation.

Objectifs

De manière plus détaillée, les objectifs du projet sont :

  1. Produire un outil permettant de mailler automatiquement et de manière dynamique un vaste nombre de services informatiques (dans le domaine de la bioinformatique) au sein d'une fédération intégrée. Celle-ci permettra l'accès transparent à un nombre accrus de services (legacy et futurs), hétérogènes, distribués, complémentaires et/ou concurrents. Ces services intégrés deviendront accessibles à partir d'interfaces utilisateur intelligentes produites automatiquement à partir de méta données de description des services (UML, XML, ...).
  2. Répondre à la demande des laboratoires (publiques et privés) concernant la dissémination et l'accès à l'information génomique.
  3. Mettre au point une interface d'aide à la décision permettant au biologiste, et ceci de la manière la moins contraignante qui soit, de découvrir parmi les mlitiples applications logicielles semblant convenir celle répondant le mieux à un besoin donné.
  4. Procéder à une déploiement partiel de l'architecture dans des laboratoires européens.

Mots clés

middleware, médiateur, bioinformatique, wrapper, ontologie, intégration, montée en charge, architecture

Distributions

Publications

2004

  • Rapport Scientifique et Technique 1er année. Quentin DALLONS, Olivier DUGAS, Pierre BUYLE, Joseph MAVOR, Amin MANTRACH, Utku SALIHOGLU, Hugues BERSINI, Marc COLET, Vincent ENGLEBERT, 2004. (232 pages). (BIB)
  • Evaluation technologiques de solutions de middleware. Quentin DALLONS, Pierre BUYLE, Vincent ENGLEBERT, 2004. (BIB)

2005

  • BIGRE: An Ontology Driven Bioinformatics Service Integration Environment. Quentin DALLONS, Olivier DUGAS, Pierre BUYLE, Joseph MAJOR, Amin MANTRACH, Utku SALIHOGLU, Hugues BERSINI, Marc COLET, Vincent ENGLEBERT . Annual International Conference on Intelligent systems for molecular biology (Poster Session), 2005. (BIB)
  • Rapport Scientifique et Technique 2nd année. Quentin DALLONS, Olivier DUGAS, Pierre BUYLE, Joseph MAVOR, Amin MANTRACH, Utku SALIHOGLU, Hugues BERSINI, Marc COLET, Vincent ENGLEBERT, 2005. (BIB)

Présentations

2004

  • Ontologie de description de données et de services en bioinformatique projet BIGRE. Olivier DUGAS, Amin MANTRACH. Journées Bioinformatiques du CINES 2004 - Métadonnées et Ontologies (OntoBio), 2004. (BIB)

2005

  • BIGRE : Bioinformatics Grid Resources and Environments. Quentin DALLONS, Olivier DUGAS, Pierre BUYLE, Joseph MAJOR, Amin MANTRACH, Utku SALIHOGLU, Hugues BERSINI, Marc COLET, Vincent ENGLEBERT. Belgian Bioinformatics Conference, 2005. (BIB)
  • BIGRE : Bioinformatics Grid Resources and Environments. Pierre BUYLE, Quentin DALLONS, Vincent ENGLEBERT. Journée CNRS - Passage à l'échelle et médiation, 2005. (PDF) (BIB)

Personnel

Directeurs

  • Marc COLET, ULB/IBMM
  • Vincent ENGLEBERT, FUNDP
  • Hugues BERSINI, ULB/IRIDIA

Chercheurs

  • Pierre BUYLE, FUNDP
  • Quentin DALLONS, FUNDP
  • Oliver DUGAS, ULB/IBMM
  • Tom LENAERTS, ULB/IRIDIA
  • Amin MANTRACH, ULB/IRIDIA
  • Joseph MAVOR, ULB/IBMM

Collaborateurs externes

  • Utku SALIHOGLU, ULB/IRIDIA
  • Francois VERMAUT, FUNDP

Mémorants

  • Marie-Laetitia DENAYER, FUNDP
  • Yves SANGWO, ULB/IRIDIA
  • Amandine SCHUURMAN, FUNDP
  • Rémy MAINIL, FUNDP
  • François DELCOUX, ULB/IBMM

Partenariat

Ce projet est un partenariat IBMM/ULB, FUNDP et IRIDIA/ULB et représente un effort de 18 années homme sur 3 ans.

Financement

Avec le soutien de la Région Wallonne (programme WIST 2003).